Modern araştırma üniversitesinin ortaya çıkışında Alman idealist düşünürlerinin ayrıcalıklı bir yeri bulunur. 18. yüzyılda orta zamanların kalın örtüsünü hâlâ üzerinde taşıyan üniversiteler bir gelecek vadetmekten uzak görünüyordu ve yaygın bir eleştiri konusuydu. Akademilerde, müzelerde, özel laboratuvarlarda, botanik bahçelerinde, rasathanelerde bir başka deyişle üniversite dışında temsil edilen bilimler ile modern felsefenin hangi kurumsal çerçevenin içinde devam edeceği, hayatını sürdüreceği temel bir soruydu. Bu soruyu “Üniversitede temsil edilsin” şeklinde cevaplamanın önünde engeller vardı. Çünkü üniversitelerin kurumsal ve felsefî çerçevesi araştırmayı ve spekülatif sorgulamayı içine alabilecek araçlardan yoksundu. Kurumun bu özellikleri taşıyacak bir biçime nasıl dönüştürülebileceği kolay bir soru değildi.
Fransa’da Devrim’den sonra Orta Çağ üniversitelerinin büyük çoğunluğu kapatılmış ve yerine “büyük okullar” sistemi inşa edilmişti. İngiltere’de ülke seçkinlerini yetiştirmekten sorumlu tarihi üniversiteler Oxford ve Cambridge ile modern bilimsel araştırmaların kümelendiği Kraliyet Bilim Toplulukları arasında oluşan iş bölümü doğallaşmıştı. İngiltere’nin 19. yüzyıldaki açılımı eski işbölümünü yerinden etmeden yeni üniversiteler ve politeknikler açmak ve reform tartışmalarıyla değişimi teşvik etmek şeklinde oldu. 18. yüzyıl sonu ile 19. yüzyıl başının tarihsel bağlamında Immanuel Kant ve sonraki Alman idealist düşünürleri günümüz üniversitelerinin felsefî ve kurumsal çerçevesine altlık teşkil eden felsefi ve pedagojik tartışmalar yaptı. Araştırmayı, bilimi ve özgür spekülatif felsefî çabaları üniversitenin içine almak isteyen girişim 18. yüzyılın ikinci yarısında önce Göttingen Üniversitesi’nde fakat esas olarak 1810’da Berlin Üniversitesi’nin kurulmasıyla gerçekleşti. Berlin Üniversitesi’nde bilimlerin kurum içine alınması, araştırma ve eğitimin birliği düşüncesinin somutlaşması yüzyıl boyunca tedrici bir şekilde gerçekleşti. Friedrich Schleiermacher’in özgürlük düşüncesini öğrenme, öğretme ve araştırma için benimseyen bu yeni kurum modern üniversite vizyonunun şekillenmesinde yeni bir dönem başlattı. Wilhelm von Humboldt idealist düşünürlerin çeşitli felsefî açılımlarını kültür kavramı içinde yeniden formüle etti. Kant, Schleiermacher, Humboldt ve diğer Alman düşünürlerinin fikir ve eylemleriyle oluşan akıl ve kültür odaklı yeni özgürlükçü eğitim reformu çerçevesi zaman içinde kurumsallaştı. Güçlü bir idealist çerçeveye sahip kurumun gelişip serpilmesi diğer toplum, kültür ve ülkelerdeki özgül bağlamlarda gerçekleşti ve yeni yorumlarla zenginleşti.