Modern ve çağdaş zamanlarda Müslümanların karşı karşıya kaldıkları sorunların, büyük ölçüde epistemolojik kaygılar doğrultusunda teşekkül etmiş olan bir dil üzerinden ifade edildiği ve buna bağlı olarak da epistemolojik araçlarla çözülmeye çalışıldığı söylenebilir. Bu doğrultuda olmak üzere, krizin temel nedenleri olarak Müslümanların daha başlangıçtan itibaren kaderci bir anlayış içerisinde olmaları, akla ve bilime mesafeli bir inanç düzlemine sahip bulunmaları, bilgi üretimindeki yetersizlikleri, bilimsel yöntemlere mesafeli bir tutum almaları, eğitim sistemlerinin geri kalmışlığı, akıl–vahiy ilişkisine dâir metodolojik bir belirsizlik içinde olmaları ve modern bilginin meşruiyetini tartışmaları gibi başlıklar ileri sürülmüştür. Epistemoloji öncelikli bir perspektif içerisinde yöntem problemi üzerine bina edilmiş olan söz konusu yaklaşımın en belirgin özelliği, varoluş içerisinde sökün eden her problemi bilgi alanında konumlandırılması gereken epistemolojik bir mesele olarak görmesi ve Müslümanların yaşamış olduğu krizin kökeninin de doğru bilgiye ulaşamama ya da yanlış bilgi biçimlerine yaslanma olduğunu varsaymasıdır. Oysa belirli bir ontolojik ilgi veya varlık anlayışı içerisinde teşekkül etmiş olan bu varsayımın kendisi de o varlık anlayışının vücut vermiş olduğu bir düşünme pratiğinin ürünü olup kökensel bir sorgulanmayı gerektirmektedir.
Her türlü epistemolojik yaklaşım biçiminin, söz konusu yaklaşım biçimine vücut veren ontolojik ilgilerin bir sonucu olduğu düşünüldüğünde Müslümanların modern ve çağdaş zamanlarda yaşadıkları krizin de epistemolojik bir problem olmaktan ziyade, temelde ontolojik bir mesele olduğu görülecektir. Hatta bu yüzden epistemolojik bir bağlama aitmiş gibi görünen sorunların dahi, onlara vücut veren ontolojik kabullerin semptomları olduğunu söylemek çok daha isabetli olacaktır.